自然资源部农用地质量与监控重点实验于2012年5月经自然资源部批准，依托中国农业大学和自然资源部土地整治中心联合建设。实验室以服务于农用地质量管理、利用和保护，提高农用地综合生产能力，保障国家粮食安全为目标，通过研究农用地质量演变过程与形成机理，集成和示范不同类型区耕地质量监测的关键技术和主要措施，监测农用地质量动态变化，实现农用地质量保护和管理的理论和技术创新，实现农用地质量保护和管理的理论和技术创新，为全国耕地产能的持续提升和实现耕地及基本农田保护目标提供理论依据和技术支撑。实验室集中、优化配置了中国农业大学和自然资源部土地整治中心在农用地质量领域的实验室资源，研究队伍的整体水平高、实力强，具备了参与国际竞争和承担国家重大科研课题和培养高级科研人才的能力。
目前，实验室按照自然资源部重点实验室建设的要求，依托土地资源管理学科、农业资源利用学科、地理信息技术学科开展多学科综合研究，已经建立了“现代农业空间信息技术”研究生公共教学开放实验室等。另有河北曲周实验站、吉林梨树试验站等可为本实验室开展野外定位监测研究提供保障条件。
实验室将秉承“求是、严谨、传承、创新”的核心理念，面向国家重大现实问题，面向未来科技与制度创新需求，面向国内领先、世界一流的目标要求，传承老一代科学家的爱国奉献情怀，努力打造我国耕地质量监测与保护研究的重点平台，为全面提升耕地质量、保障粮食安全提供有力的技术支撑。